1-جناب عالی می‌دانید که به تصریح تراجم احوال نویسان و مخصوصاً صاحبان کتب طبقات در پهنه علم و ادب و تمدن اسلام و ایران، دانشمندانی بوده‌اند که کتابی را یک بار می‌خوانده‌اند و از بر می‌کرده‌اند و بر جزئیات آن هم مسلط می‌شده‌اند. اما این خیلی تازگی دارد که کسی کتابی بیست جلدی (قریب به بیست هزار صفحه) را طی سه روز پس از انتشار (با قبول این فرض که آن کس کتاب را روز اول انتشار خریده و بیدرنگ به خواندن آن پرداخته باشد) بخواند و مندرجات آن را درک کند و از آن «نومید» شود و کلیاتی بنویسد و تصور کند آنرا نقد کرده است. بنده کند ذهنِ دیر فهم یک کتاب دویست صفحه‌ای را باید بیش از یک ماه زیر و رو کنم و تازه به این نتیجه برسم که قسمتی از آنرا درست متوجه نشده‌ام و باز رجوع کنم و با منابع تطبیق دهم و با این همه با تردید و تمجمج در بارۀ آن اظهار نظر کنم.
2-نویسندۀ آن شبه نقد نوشته‌اند چرا آقای دکتر سید جواد طباطبایی که علوم سیاسی خوانده است، تاریخ قاجار نوشته است؟ بنده به اینکه چرا صدها تن شبه محقق در بارۀ دانشهایی می‌نویسند که ادنی اطلاعی در بارۀ آن ندارند کاری ندارم؛ اما نویسنده از کجا می‌دانند که آقای دکتر طباطبایی علوم سیاسی خوانده‌اند؟ ناچار تصریح می‌کنم که ایشان اولاً فلسفه خوانده‌اند؛ ثانیاً چنانکه از آثارشان-که بی گمان نویسندۀ آن شبه نقد آنها را نخوانده است-پیداست بیشتر همّ خود را مقصور بر تحقیق و تحلیل مباحث مربوط به تاریخ جدید ایران و آشنایی ایرانیان با تمدن و فرهنگ جدید، قوانین اساسی و مدنی، مشروطه و زمینه‌های فکر مشروطیت و مانند آن کرده‌اند. تاریخ ایران از دورۀ قاجار متنِ لاینفک همین مباحث است و آقای دکتر طباطبایی علی الاطلاق بهترین یا یکی از معدود محققانی است که در این زمینه‌ها سخنان و تحلیل‌های تازه دارند، اگرچه ممکن است مورد پسند اشخاصی واقع نشود.
3-خرده گیری در بارۀ کمیت مقالات مربوط به عصر قاجار، که لابد آنرا با ابوابی در بارۀ سلسله‌هایی چون آل بویه و سلجوقیان و تیموریان مقایسه کرده‌اند، نیز چندان وجهی ندارد. اهل تحقیق می‌دانند که تفاوت میان آن دولتها و قاجاریه از زمین تا آسمان است. آنچه در تاریخ دورۀ قاجار گفتنی بوده است در این بخش از تاریخ جامع ایران گفته شده است. واقع آن است که به تعبیر یکی از ناظران: «ایران که از قدیم، هم قبل از اسلام و هم بعد از اسلام، دارای وقایع مهمۀ تاریخی است و گاهی به مقام عالی بزرگی و ترقی ارتقاء جسته و گاهی مورد صدمات و حملات فوق التصور قرار گرفته، بعد از فوت نادر و وفات کریم خان زند و افتادن سلطنت به دست قاجاریه دائماً رو به هبوط گذاشته کم کم همه چیزی... از میان رفته... و تاریخ ایران هم هیچ شده چیز قابل ذکری نداشت...از نصف زمان فتحعلی شاه تا پایان مظفرالدین شاه تاریخ ایران چیزی ندارد جز اینکه شاه به شکار رفته یا فلان حاکم چه کرده... یا چقدر نسوان در دستگاه سلطنتن جمع شده‌اند...» با این همه، لازم است در بارۀ استیلای قدرتهای بزرگ بر ایران و رقابت آنها از زوایای مختلف بحث‌های دراز دامن شود. همانطور که پیش و پس از انتشار تاریخ جامع ایران بارها تأکید کرده‌ایم، این اثر همواره در معرض تکمیل و تهذیب قرار خواهد داشت.
4-این خرده گیری که چرا تمام مقالۀ بلند صفویه را یک تن نوشته است هم بی وجه است. اولاً این مقاله از ثلث سوم یک جلد تا قریب به ثلث اول جلد بعدی را در بر گرفته است و نویسندۀ آن شبه نقد چون کتاب را نخوانده و شاید اصلا ندیده است گفته است این مقاله دو جلد را در بر گرفته است! ثانیاً نویسندۀ آن، از متخصصان درجه اول تاریخ صفویه است. گذشته از صدها نکتۀ تازه و تحلیل‌های عالمانه در متن مقاله، فقط نگاهی به منابع قدیم و جدید مقاله،که یقینا بیشتر کسانی که دعوی صفوی شناسی دارند، مطلقاً آنها را نمی‌شناسند، گواه این دعوی است. ثالثاً اگر کسی تاریخ ایران از آغاز اسلام تا دمادم ظهور صفویه یعنی ده قرن تاریخ ایران را، با آن همه فراز و نشیب، یک تنه بنویسد،خرده‌ای بر او نتوان گرفت؛ اما یک محقق متخصص اگر دوره‌ای را که دهها سال در بارۀ آن کار و تحقیق و تألیف کرده است،بنویسد، محل طعن و انکار است؟
5-البته که نویسندۀ تاریخ آموزش و پرورش در ایران می‌تواند قسمتی از تاریخ قاجار را هم بنویسد. بدیهی است که صلاحیت و توانایی نویسنده را مدیران طرح و مخصوصا سرویراستار تشخیص می‌دهند.
6-شگفت آور است که به سبب شباهت عناوین ابواب و فصول تاریخ جامع ایران با مدخلهای دایره المعارف-هر دایره المعارفی اسلامی و ایرانی-کسی تصور کند که ابواب تاریخ جامع ایران از آن دانشنامه یا دانشنامه‌ها برداشته شده است. معلوم است که هرکس در هرجا مقاله‌ای یا کتابی مثلا در بارۀ سلجوقیان، خوارزمشاهیان، فریغونیان، سفالگری، شیشه گری، تعزیه و هزاران مطلب دیگر بنویسد، عنوان اثر او همینها خواهد بود؛ و غالباً اصول مطالب، صرف نظر از تفصیل و تحلیل بیشتر و گسترده‌تر نیز مشابه خواهد بود. این چه ربطی به دعوی نویسندۀ آن شبه نقد دارد؟ اگر حضرتش کتاب را حتی تورقی اجمالی فرموده بودند، تفاوت مدخلهای دایره المعارف بزرگ اسلامی را با ابواب تاریخ جامع ایران در می‌یافتند.
7-بعضی از مقالات تاریخ جامع ایران حدود سیزده سال پیش نوشته شده است. در دو مورد، نویسندگان این مقالات، که نامۀ درخواست تألیف و رسید دریافت حق التألیف آنها نشان می‌دهد که مقالات خود را به سفارش ما و اصلاً برای تاریخ جامع ایران نوشته‌اند، آنچه را که برای این اثر نوشته بودند بعدا تکمیل کردند یا تغییر دادند و در جای دیگر به چاپ رساندند. این کار عیبی ندارد و هر نویسنده‌ای می‌تواند نوشتۀ خود را پس از چند سال با تغییر و تکمیلی در جایی دیگر چاپ کند. آنچه قابل خرده گیری است آن است که در این یکی دو دهه دهها تن مقالات خود را عینا طی چند سال معدود در چندین نشریه به چاپ رسانده‌اند.
8-شما هم سالهای دراز، از ایام دانشجویی در زمینه‌های مختلف تاریخ علوم طبیعی و ریاضی تحقیقات خوب کرده‌اید و مقالات عالی نوشته‌اید. این خرده گیری که چون تاریخ جبر و حساب نوشته‌اید پس نباید در بارۀ آثار علوی و زمین شناسی چیزی بنویسید، سست تر از آن است که پاسخی به آن داده شود. نویسندۀ آن شبه نقد باید آن مقالات شما را می‌خواندند و سپس اظهار نظر می‌فرمودند. جناب عالی می‌دانید که بنده فقط در یک مورد پا را از دایرۀ پنج قرن نخست تاریخ ایران و اسلام فراتر گذاشته‌ام؛ اما قریب به چهل سال است که در زمینه‌های تاریخ طب کار می‌کنم. مقالات متعدد داخلی و خارجی بنده را در این زمینه‌ها لابد دیده‌اید و برای اولین بار ناچارم تصریح کنم که در این فن برای خود رقیبی نمی‌شناسم. اجزاء مختلف تاریخ طب ایران در مجموعۀ تاریخ جامع ایران و نیز در دایره المعارف بزرگ اسلامی و در ایرانیکا و در مجموعه‌ای که در بارۀ طب اسلامی در ینگه دنیا منتشر شده است همه را هم خود من نوشته‌ام. اینرا متذکر شدم تا اگر نویسندۀ آن شبه نقد کتاب تاریخ جامع ایران را تورق فرمودند و به این مقالات برخوردند، نفرمایند چرا هم تاریخ سیاسی نوشته‌ام و هم تاریخ طب، یا آن مقالات را از آن دانشنامه‌ها یا آن مجموعه برداشته‌ام.